Wydział Teologii powstał wraz z utworzeniem Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie w dniu 1 września 1999 r. (Ustawa o utworzeniu Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie z 9 lipca 1999 r. - Dz. U. nr 69 z dnia 20 sierpnia 1999 r., poz. 762). Kongregacja ds. Wychowania Katolickiego Stolicy Apostolskiej 15 sierpnia 1999 r. erygowała Wydział Teologii na powstającym Uniwersytecie Warmińsko-Mazurskim w Olsztynie.
Wydział Teologii jako jednostka organizacyjna Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie realizuje podstawowe cele i wartości zawarte w misji całego Uniwersytetu.
Jest: ,,wszechstronna działalność na rzecz rozwoju kształcenia wysokiej jakości absolwentów i kadr naukowych, realizacji badań naukowych dostosowanych do potrzeb gospodarki regionu i kraju oraz wzbogacania kultury narodowej’’.
Misja strategii rozwoju Wydziału na lata 2021-2024 jest kontynuacją misji zawartej w Programie Rozwoju Wydziału Teologii UWM w Olsztynie z lat 2014-2020 (Uchwała Nr 140 Rady Wydziału Teologii UWM w Olsztynie z dn. 7 listopada 2013 r.).
Wydział stawia sobie za cel rozwijanie i pełne wykorzystanie posiadanego potencjału. Chce to uczynić poprzez realizację niniejszego programu rozwoju. To z kolei powinno sprawić, że Wydział będzie znaczącym ośrodkiem badawczo-dydaktycznym w strukturach Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego oraz w Polsce. Koncepcja kształcenia jest również spójna z misją i strategią rozwoju Wydziału Teologii.
- Doskonalenie dotychczasowych kierunków studiów i specjalności oraz poszerzanie oferty kształcenia dostosowanej do potrzeb środowiska zewnętrznego.
- Rozwijanie dotychczasowych i podejmowanie nowych kierunków badań istotnych dla społeczeństwa i gospodarki kraju oraz regionu Warmii i Mazur.
- Utrzymanie wysokiej pozycji Wydziału w ocenie parametrycznej jednostek naukowych.
- Internacjonalizacja Wydziału w obszarze kształcenia i badań naukowych.
- Udoskonalenie systemu zarządzania zasobami ludzkimi.6. Rozwój i racjonalne wykorzystanie bazy badawczo-dydaktycznej.
