Kaplica pw. Miłosierdzia Bożego miała początkowo służyć alumnom pierwszego roku. Usytułowana jest na poddaszu (II piętro) w częsci seminarium, które nazywa się akademikiem filozoficznym. W głównym ołtarzu znajduje się obraz św. Józefa, patrona seminarium. Po lewej stronie obok tabernakulum znajduje się obraz Jezusa Miłosiernego. W tej kaplicy klerycy gromadzą się o godz. 15:00 i odmawiają Koronkę do Bożego Miłosierdzia.
Za kaplicą i zakrystią znajduje się pokój zwany "Emaus", gdzie dawniej ojciec duchowny spotykał się z klerykami pierwszego roku na wspólnych rozmowach duchownych. Kaplica jest w pełni wyposarzoża. W tej kaplicy odbywa się poświęcenie stroju duchownego przed obłóczynami. Obecnie jest również miejscem formacji Służby Liturgicznej Archidiecezji Warmińskiej. Łatwo nie jest do niej trafić. Wiele osób, które odwiedz nasze seminarium nawet nie wie o istnieniu tej kaplicy. Ta sytuacja sprzyja jednak wyciszeniu i spotkaniu z Panem Bogiem w modlitwie.
